مقدمه
در جوامع مذهبی و سنتی، طبقه و قشر روحانی از جایگاه خاصی برخوردار می‌باشند، لذا علمای شیعه بخصوص از آغاز غیبت کبری تاکنون، نقش شایان توجهی در بسط و گسترش مذهب حقه شیعه، ایفا کرده‌اند و همواره مورد توجه شیعیان بوده و از نفوذ و اقتدار خود، نهایت استفاده را برای خدمت به اسلام و مسلمین نموده‌اند. با روی کار آمدن پادشاهان صفوی که برای اولین بار در کل ایران، مذهب تشیع بعنوان مذهب رسمی اعلام گردید، بطور طبیعی و قهری، میدان فعالیت برای علمای شیعه آماده‌تر شد.
در دوران سلسله قاجاریه نیز، نقش روحانیت و موضع‌گیری‌های آنها در مسائل مختلف سیاسی، اجتماعی و فرهنگی، بسیار حائز اهمیت و قابل توجه و تأمل می‌باشد. آیت اله شیخ محمد تقی برغانی از جمله عالمان این دوره است که نقش بسیار زیادی در هدایت و ارشاد مردم و مبارزه با افکار انحرافی شیخیه و بابیه ایفا کرده و سرانجام در این راه به شهادت رسیده است.
اکنون به بررسی زندگینامه این عالم جلیل‌القدر می‌پردازیم:
پیشینه خانوادگی آیت الله شیخ محمدتقی برغانی
پدر شیخ محمد تقی، آیت اله ملامحمد ملائکه برغانی (م 1200 هـ .ق) فرزند شیخ مولی محمد تقی بن شیخ مولی محمدجعفر بن مولی شیخ محمدکاظم، مولدش طالقان، منشأش قزوین و مدفنش برغان و از علما و حکمای شیعه و از مراجع تقلید بود. مقدمات علوم عربی و فنون ادب را از علمای قزوین فرا گرفت. سپس فقه و اصول و حدیث را در حوزه درس پدرش (م 1186 هـ .ق) و سیدنصراله حائری (م 1158 هـ .ق) و دیگران آموخت. حکمت و فلسفه را از حوزه درس شیخ اسماعیل خواجوئی (م 1173 هـ .ق) و دیگران بهره‌مند گشت. سال‌ها در شهر مقدس کربلا به تدریس و فتوی و مرجعیت امور دینی گذراند. در سفری که به قصد زیارت حضرت رضا(علیه السلام) به ایران آمده بود، در قزوین از ایشان خواستند که در آن شهر بماند و پذیرفت و در آنجا به تدریس و زعامت، اشتغال یافت.
از حوادث مهم تاریخی زندگی وی، برخورد او با جریان اخباریه می‌باشد. قزوین در قرن دوازدهم هجری قمری مانند بیشتر شهرهای شیعه نشین در عراق و ایران دچار اختلافات اخباری و اصولی بود و شهر در آن زمان به دو قسمت تقسیم شده بود و فاصل بین این دو قسم، رودخانه بازار بود.
در قسمت شرق رودخانه، اصولی‌ها و در قسم غرب آن، اخباریه مستقر بودند. اخباری‌های قزوین از طرف‌داران و شاگردان ملاخلیل قزوینی (م 1089) اخباری متعصب معروف بودند. این کشاکش بر طرز تفکر طلاب علوم دینی هم سایه افکنده بود و طلاب علوم دینی و حتی افاضل اخباریه در عقیده خویش متعصب بودند؛ به طوری‌که هیچ‌گاه شخصی از آنان، کتب علمای اصولی را بدون دستمال، دست نمی‌زد، از بیم آنکه مبادا دستش نجس شود.
در چنین جوی در حدود سال 1165 هـ .ق، شیخ یوسف بحرانی، صاحب حدائق (م 1148 هـ .ق) شیخ اخباریه در عصر خود، در طی هجرتش به کربلا در سر راه خویش، وارد قزوین شد و مورد استقبال اخباریه قرار گرفت. آیت اله ملامحمد ملائکه برغانی، به عنوان زعیم علمای قزوین و در عصر اصولیون، با صاحب حدائق دیداری کرد و با او مناظره و بحث نمود و درباب اجتهاد، او را مجاب کرد و این برخورد باعث شد تا صاحب حدائق که از علمای اخباری متعصب و تندرو بود، تغییر عقیده داده و مشرب اخباری معتدل، اختیار نماید.
این مناظره و مباحثه، انعکاس زیادی یافت و از طبقه علماو فضلا به عامه مردم سرایت نمود و ولوله بزرگ در شهر به راه انداخت. در نتیجه اخباریه به منزل آیت اله ملامحمد برغانی هجوم بردند تا وی را به قتل برسانند. اما به ایشان دسترسی نیافتند و خانه و کتابخانه او را آتش زدند. پس از دخالت مأموران دولتی، برغانی را از قزوین به برغان تبعید کردند. ایشان اولین شخصی است از این خاندان که به «برغانی» شهرت یافت. وی سر سلسله آل برغانی می‌باشد و دارای چهار فرزند بنام‌های شیخ آقا و یا ملاآقا، ملا محمدتقی، ملا محمدصالح، و ملاعلی بود. آیت اله ملامحمد ملائکه برغانی از خود، آثاری باقی گذاشته است از جمله آنها بنا و توسعه مسجد جامع برغان که یکی از بزرگترین مساجد آن سامان می‌باشد و به طرز زیبا و هنری بنا شده و تارخی مسجد و توسعه بنا در کتیبه درب شرقی مسجد با خط ثلث زیبا با کاشی اطراف در ورودی مزیّن شده است. وی هم‌چنین مؤلفات و مصنفاتی نگاشته است؛ از جمله تحفۀ‌الابرار فی تفسیر القرآن در دو جلد بزرگ و کتاب الدرر الثّمین در امامت . وی در برغان از دنیا رفته و قبر شریفش جنبه مزاریت دارد .
تولد آیت اله شیخ محمدتقی برغانی (شهید ثالث)
در حدود سال 1172 هـ . در خانه آیت اله ملامحمد ملائکه ـ در روستای برغان ـ نوزادی پابه عرصه گیتی گذاشت که نامش را «محمدتقی» نهادند .
تحصیل
آیت اله برغانی، تحصیلات اولیه‌اش را در برغان و قزوین فرا گرفت و بعد به اصفهان عزیمت کرد و در آنجا در پیش آخوند ملا آقا بیدآبادی (م: 1197 هـ .ق) به فراگیری علوم عقلی مشغول شد. سپس عازم عتبات عالیات شد و به حلقه درس آقا باقر بهبهانی حائری (م: 1205 هـ . ق) پیوست و از ایشان بهره‌ها برد.
در این هنگام، بر اثر شیوع بیماری «وبا» در عراق، به موطن خود مراجعت کرد.
برای تکمیل تحصیلات خویش، به شهر مقدس قم رفت و به جمع شاگردان میرزا ابوالقاسم قمی، صاحب قوانین (م: 1231 هـ .ق) پیوست. بعد به اصفهان رفت و در آن شهر مسکن گزید و علوم عقلی را در محضر ملاعلی نوری (م: 1246 هـ .ق) به پایان رساند و مشغول تدریس الشواهد الربوبیه ـ از تصانیف ملاصدرا ـ شد . بر اثر احاطه فراوان به آرا سلف و نظریات صدرالمتألهین و حسن تقریر و طلاقت لسان و حجت بیان، جمع زیادی از دوستداران علوم عقلی در محضرش زانوی شاگردی زده و بهره می‌بردند. بعد از مدتی، اصفهان را به سوی کربلای معلی ترک نمود و به حوزه درس سیدعلی طباطبایی (م: 1221 هـ .ق) صاحب ریاض ملحق شد و از محضر آن بزرگوار بهره‌مند گشت. پس از آن عازم نجف اشرف شد و از حوزه درسی شیخ جعفر کبیر (م: 1228 هـ .ق) صاحب کشف الغطاء، سال‌ها استفاده نمود .
بازگشت به ایران
آیت اله برغانی، پس از سال‌ها تحصیل در عتبات عالیات و دریافت اجازه از مشایخ خود، به ایران بازگشت و در تهران سکنی گزید. در تهران کرسی تدریس داشت و مقام افتا از آن او بود. طلاب علوم دینی، از اطراف و اکناف، برای بهره‌وری و استفاده، پیش وی آمدند و بر گردش حلقه زدند .
آثار علمی مجتهد برغانی
آیت اله برغانی، روزها مشغول تدریس، تألیف، ترویج دین، تبلیغ شریعت و هدایت مردم بود و از نیمه‌های شب بر می‌خاست و به مسجد می‌رفت و تا صبح به عبادت و مناجات می‌پرداخت .
او آشنا به فنون نگارش بود و آثار بسیار ارزشمندی خلق کرد و به یادگار گذاشت که مشهورترین آنها عبارت است از:
1-‌ کتاب «منهج الاجتهاد» عربی. دائرۀ المعارف گونه فقه شیعه، در 24 جلد بزرگ که تمامی ابواب فقه از طهارت تا دیات را در بردارد .
تألیف جلد اول این کتاب، در ماه ذی الحجۀ الحرام سال 1226 هـ .ق آغاز شده و در قریه برغان، مسقط الرأس وی، در جمادی الاول، سال 1227 هـ . ق به انجام رسیده است.
تألیف این دائرۀ المعارف گونه فقهی، سال‌ها طول کشیده است .
مرحوم میرزا محمد تنکابنی می‌نویسد: در آن زمان که مؤلف در دارالسلطنه قزوین تحصیل می‌نمودم، شهید مشغول با تمام تألیف این کتاب بودند و دیدن و بازدید و عروسی و عزا، همه را ترک کرده بود و به تألیف کتاب منهج مشغول بود، مگر روزها بجهت وقت عصر، مقدار دو ساعت به غروب مانده می‌نشستند و به مرافعات اشتغال داشتند و سایر اوقات را به تألیف مشغول بودند .
این اثر نفیس از منابع مهم فقهای شیعه در تحقیقات فقهی و فتاوی آنان بود و نسخه‌هایی از آن در کتابخانه‌های متعددی موجود می‌باشد .
توجه علما به این کتاب، نشانگر قدرت علمی شهید ثالث است، به طوری که فقیه بزرگواری مثل صاحب جواهر در هنگام تألیف جواهر، وقتی که به کتاب الجهاد رسید، کتاب الجهاد شهید برغانی را امانت گرفت و در تحریر کتاب خود از آن استعانت نمود .
2-‌ کتاب شرح الشرایع: این کتاب که یک جلد بزرگ است، تمامی ابواب فقه را در بردارد و در سال 1226 هـ .ق تألیف شده است.
3- یک دوره فقه فارسی از طهارت تادیات .
4- عیون الاصول. این کتاب دو جلد است و بیشتر این دو جلد در نقد قوانین میرزای قمی می‌باشد .
5- شرح الروضۀ. عربی.
6- شرح بر معالم. عربی.
7- ملخص العقاید. این کتاب یک جلد بزرگ می‌باشد و موضوعش کلام است.
8- رسالۀُ فی صلاۀ الجمعۀ.
9- رسالۀُ فی عدم وجوب هبۀ الولی مدۀ منقطعۀ المولی علیه.
10- کتاب دیات. فارسی.
11- رساله‌ای در نماز قضا.
12- رسالۀ القضاء عن الاموات.
13- مجالس المتقین. این کتاب درباره مطالب اخلاقی است که مشتمل بر 50 مجلس می‌باشد. تاریخ نگارش آن سال 1258 هـ . ق است.
14- رساله‌ای در طهارت.
15- رساله‌ای در نماز و روزه .
آیت اله برغانی از منظر علما و دانشمندان
1-‌ علامه امینی، صاحب الغدیر:
«نمونه یک فقیه کامل و مظهر تقوی و پرچم‌دار دانش وهدایت بود و از قهرمانان فرزانه اسلام و دانشمندان محقق و مجاهدان کم‌نظیری که دین و دانش رهین خدمات ونید ».
2-‌ میرزا محمد تنکابنی:
«... جامع معقول و منقول، ماهر در علم فروع و اصول، مفخر ارباب عقول ... بلَّغه الله اعلی درجات الکرامۀ » «عالم عامل و فقیه عادل و جامع مجامع و جوامع علوم اکامل افاضل اماثل، نحریر فاضل باذل ».
3- آقا بزرگ تهرانی، صاحب الذریعۀ:
«هو... الشهیر بالشهید الثالث من جهابذۀ علماء الامامیۀ و مشاهیر فقهائهم المجاهدین فی هذا القرن؛ او که مشهور به شهید ثالث است، از بزرگان علمای شیعه و از فقهاء معروف آنان است و از مجاهدین این قرن می‌باشد .»
4- ملاحبیب الله شریف کاشانی:
«... کان عالماً فاضلاً کاملاً جامعاً مجتهداً نحریراً...؛ عالمی فاضل، دارای کمال و جامعیت و مجتهدی ماهر بود .»
5- میرزا محمدباقر موسوی خوانساری و شیخ عباسی قمی:
«الاخوان الفاضلان الکاملان الفقیهان الباذلان الحاج مولانا محمدتقی و الحاج مولانا محمدصالح البرغیان القزوینیان...؛ دو برادر فاضل، دارای کمال، دو فقیه سخاوتمند، سروران ما: حاج محمد تقی و حاج محمدصالح برغانی قزوینی...
6- علامه محمدعلی مدرس تبریزی:
«... از اکابر علمای شیعه می‌باشد... بسیار عابد و زاهد و با تقوی و شب زنده‌دار بود، اوقاتش در ترویج احکام دین و تخرتب اساس مبتدعین معروف شد، مواعظ وی مورد حیرت حاضرین از هر طبقه بود .»
7- شیخ محمدشریف رازی:
«... از علما بزرگ عالم تشیع بود، و در امر فقاهت و بحث، ید طولایی داشته .»
8- شیخ محمد حرزالدین:
«... کان عالماً ادیباً فذّاً مجاهداً آمراً بالمعروف ناهیاً عن المنکر لا یخشی سلطان عصره فتح علی شاه القاجاری...؛ ... او مردی دانشمند، ادیب، یگانه، مجاهد، آمر به معروف و ناهی از منکر بود و از پادشاه زمانش فتحعلی شاه قاجاری، هراسی نداشت... .»
شاگردان
با وجود این‌که آیت اله برغانی، در شهرهای اصفهان، کربلا، نجف، تهران و قزوین، به تدریس اشتغال داشت، اما با کمال تأسف، شرح حال نگاران به معرفی شاگردان ایشان چندان نپرداخته و در بین شاگردانش بیشتر از فرزندان وی و میرزامحمد تنکابنی و سید محمدحسین قزوینی یاد نموده‌اند.
تنکابنی دارای آثار علمی زیادی است؛ از جمله «تذکرۀ العلما» و «قصص العلما».
سید محمدحسین قزوینی، بعضی از مجلات کتاب «منهج الاجتهاد» آیت اله برغانی را استنساخ نمود و بر کتاب «لعان» استادش، تعلیقاتی نوشت .
فرزندان دانشمند آیت اله برغانی
1- آیت اله میرزا ابوالقاسم؛ (متوفی: بعد از 1300 هـ .ق) ایشان پسر بزرگ شهید ثالث بودند.
2- آیت اله حاج شیخ صادق؛ (متوفی: 1311 هـ .ق).
3- آیت اله شیخ محمدباقر؛ (متوفی: 1280 هـ .ق).
4- آیت اله حاج شیخ عیسی؛ (متوفی: 1339 هـ .ق).
5- حجت الاسلام آقامحمد امام جمعه.
6- حجت الاسلام آقا شیخ عبداله امام جمعه.
7- حجت الاسلام آقا شیخ کاظم.
8- حجت الاسلام آقا شیخ جعفر؛ (متوفی: 1306 هـ .ق).
9- ثقۀ الاسلام آقا میرزا محمود.
10- ثقۀ الاسلام آقا تقی.
11- حاج میرزا حسن .
12- ام کلثوم برغانی (1224-1268ق).
او از بانوان فقیه و محدث می‌باشد که فقه، اصول و حدیث را پیش پدر و عمویش، حکمت و فلسفه را ملا آقا حکمی قزوینی و عرفان را پیش عمویش فرا گرفت.
وی زن میرزا عبدالوهاب برغانی قزوینی بود. او در کربلا، قزوین و تهران، تدریس می‌نمود.
ایشان در سال 1268 هـ. ق، کتابخانه شخصی خود را وقف کرد و تولیت آن را به عهده همسرش قرار داد. «تفسیر فاتحۀ الکتاب» از آثار وی می‌باشد.
نوادگان آیت اله برغانی هم، از دانشمندان برجسته قزوین، قم، کربلا و شهرهای دیگر بودند که برای رعایت اختصار از ذکر آنها خودداری می‌شود.
عصر شهید ثالث و جنبش‌های فکری
در اروپا ماشین بخار، اختراع می‌شود. انقلاب صنعتی غرب پدید می‌آید. دولت انگلیس، برای بازاریابی کالاهای خود و تهیه مواد اولیه، کمپانی هند شرقی را تأسیس می‌نماید.
شعبه‌های این کمپانی در دو سوی خلیج فارس، از بصره تا بوشهر و بحرین و مسقط، افتتاح می‌شود. در این هنگام، برای مشغول نمودن ذهن و فکر مسلمان‌ها به دور نگاه داشتن آنها از مسائل که در اطراف و اکناف می‌گذرد، مبلغان مسیحی، به طرف شرق سرازیر می‌شوند و هم‌چنین در جهان اسلام، دو جریان تند افراط و تفریط، بر مبنای یک تفکر غلط، شکل گرفت. جریان‌هایی که فتنه‌های گوناگون و خونریزی‌های زیادی را در پی داشت و هنوز هم، آثار آن دو جریان منحوس، در جهان اسلام باقی است.
نخستین حرکت، وهابیه بود که براساس افکار عالم حنبلی مذهب به نام: محمد بن عبدالوهاب نجدی (1115-1206 هـ .ق) شکل گرفت دومین جنبش جریان شیخیه است که براساس افکار شیخ احمد بن زین‌الدین احسایی (1166-1241 هـ .ق) شیعی مذهب پی‌ریزی شد .
شرح مختصری از شیخیه
با توجه به مقدمه مذکور، فرقه شیخیه، براساس تعالیم شیخ احمد احسایی، در نیمه اول قرن سیزدهم هجری قمری، به وجود آمد. پیروان این فرقه، مجموعاً از مردم بصره، حله، کربلا، قطیف، بحرین و بعضی از شهرهای ایران بودند . اساس این مذهب، مبتنی بر امتزاج تعبیرات فلسفی قدیم متأثر از آثار سهروردی با اخبار آل محمد(صلّی الله علیه و آله و سلّم) است . آموزه‌های شیخ احمد، علاوه بر آنکه مایه انشعاب داخلی فرقه شد، زمینه‌ساز پیدایش دو فرقه منحرف «بابیت» و «بهائیت» نیز گردید .
نام دیگر این فرقه، کشفیه می‌باشد. کشفیه حاکی از کشف و الهامی است که شیخ (برای خودش) و اتباعش (برای وی) مدعی بودند . سید کاظم رشتی، جانشین شیخ احمد در وجه تسمیه شیخیه به «کشفیه» می‌نویسد:
«مراد از شیخی یا کشفی، اصحاب شیخ بزرگوار الشیخ احمد بن زین‌العابدین احسایی می‌باشند و منسوبین به آن به کشفیه موسومند، چرا که خداوند سبحان، حجاب جهل و کوری در دین را از بصیرت‌ها و چشم‌های ایشان برداشته و ظلمت شک و ریب را از قلوب و ضمایر آنها برطرف کرده است .»
این فرقه به «پشت سریه» ـ در مقابل «بالا سریه» ـ موسومند. شیخیه را بدین جهت پشت سریه می‌نامیدند که نامبرده [شیخ احمد] در حائر شریف حسینی با پیروان خود، پشت سر مبارک نماز می‌خوانده، لیکن مخالفان او طرف بالا سر مبارک به اقامه جماعت می‌پرداختند و آنها را بالا سریه می‌نامیدند .»
حاج محمد کریم‌خان کرمانی ـ از رهبران شیخیه ـ در این بابا می‌نویسد:
«چون شیخ مرحوم مادام که در کربلا بودند، نماز را به جهت حرمت امام(علیه السلام)، پشت سر امام می‌کردند... و مخالفان ایشان برعکس ایشان، مساوی با امام ایستادن را تجویز کردند، بلکه پیش روی قبر امام، نماز کردن را تجویز کردند... و حاصل آنکه بالاسری کسی است که شیخ را و سید را و اتباع ایشان را در اقتدا کافر می‌داند .»
نظر به این‌که در مباحث آتی، در لابلای بحث‌ها اشاره‌ای به شیخیه خواهیم داشت، لذا در این‌جا به همین اندک اکتفا می‌کنیم.
مناظره علمی آیت اله برغانی با شیخ احمد احسایی
زمان این رویداد به سال‌های آخر زندگی احسایی باز می‌گردد. وی در زمانی که از کرمانشاه، عازم مشهد بود (سال 1273 هـ.ق) گویا در میانه راه، چندی در قزوین توقف داشت . علمای قزوین در نماز به وی اقتدا می‌کردند و او مورد احترام آنان بود. تا این‌که روزی به بازدید شهید ثالث رفت.
پس از طی تعارفات مرسومه، برغانی و احسایی در رابطه با معاد مناظره کردند. شهید قائل به معاد جسمانی با بدن عنصری و شیخ قائل به معاد با بدن هور قلیایی بود که در نهایت با مداخله یکی از شاگردان شیخ، جلسه با تلخی خاتمه یافت.
این جریان در قزوین منتشر شد و بالتبع رکن الدوله علینقی میرزا حاکم قزوین نیز از آن باخبر گشت. وی خواست بین برغانی و احسایی آشتی ایجاد کند. لذا محفلی ترتیب داد و علمای قزوین و نیز شهید و شیخ را دعوت کرد. اما تلاش‌های حاکم قزوین مؤثر واقع نشد و این بار شهید به طور صریح و قاطع، شیخ را تکفیر کرد. پس از این جریان، احسایی به ناچار قزوین را ترک کرد. علاوه بر شهید ثالث، علمای دیگری نیز به تکفیر احسایی پرداخته‌اند که از ذکر آنها خودداری می‌شود.
تکفیر احسایی توسط ملا محمدتقی برغانی، نقطه عطفی هم در زندگی برغانی و هم در زندگی احسایی محسوب می‌شود. زیرا تکفیر برغانی موجب گشت تا علمای دیگری نیز به تکفیر احسایی بپردازند و این امر سبب شد تا احسایی به لحاظ موقعیت دینی، علمی و اجتماعی در سراشیبی سقوط اقرار گیرد. این تکفیر در زندگی برغانی نیز از این جهت نقطه عطف محسوب می‌شود که وی از این به بعد با حدت و شدت زاید الوصفی به مبارزه با احسایی و طرفدارانش پرداخت و مورد کینه و عداوت شیخیه واقع گشت.
مبارزات حق طلبانه آیت اله برغانی
به طور کلی، عمر شریف آیۀ اله برغانی در راه احقاق حق و ابطال باطل سپری شد. وی در راه مبارزه با باطل و دفاع از حق و حقیقت لحظه‌ای کوتاهی نکرد و به عنوان سرباز راستین امام زمان(عجّل الله تعالی فرجه الشریف) پیوسته در حال مبارزه بود که به طور مشخص به موارد ذیل اشاره می‌شود:
1-‌ در روزگاری که وی در تهران دارای کرسی تدریس و مقام افتا بود، بر اثر بی‌کفایتی فتحعلی‌شاه قاجار و شکست ایران در جنگ اول ایران و روس (1228 هـ .ق) ولایات شمال ایران به اشغال روس‌ها در آمده بود و انگلستان و فرانسه شدیداً در ایران رقابت داشتند و انگلستان در امور داخلی ایران دخالت می‌کرد.
این حوادث، خشم شهید ثالث را برانگیخت و برای نخستین بار، مسأله ولایت فقیه از طرف ایشان مطرح شد. همین مسأله شاه قاجار را با دشواری مواجه کرد. از این روی، علمای طراز اول تهران را به کاخ گلستان دعوت کرد. در حضور شاه، جلسه‌ای تشکیل شد. شهید ثالث در این جلسه، مسأله رهبری فقها را در عصر غیبت کبری عنوان کرد.
این مسأله مورد تأیید برخی از فقهای حاضر در جلسه قرار گرفت. شاه شدیداً از شهید ثالث ناراحت شد و در پی آن دستور تبعید وی و دو برادرش، شیخ محمدصالح و ملاعلی برغانی را به عراق صادر کرد .
آیت اله برغانی پس از تبعید، کربلا را مسکن خویش قرار داد و به زعامت دینی اشتغال یافت. وی مدت زمانی نیز به همین صورت در نجف اقامت گزید. هنگامی‌که شیخ جعفر صاحب کشف الغطاء، عازم ایران شد، شهید ثالث و برادران او را همراه خود به ایران آورد و نزد فتحعلی شاه قاجار برای آنها وساطت کرد. شاه قاجار وساطت شیخ جعفر را با این شرط پذیرفت که برغانی‌ها در دارالخلافه تهران اقامت نگزینند.
شهید ثالث قزوین را مقر نهضت علمی خود قرار داد و مدرسه و مسجدی در آنجا بنا کرد که طلاب علوم دینی از اطراف و اکناف به محضرش می‌شتافتند .
شیخ آقا بزرگ تهرانی می‌نویسد: «... بین شهید ثالث و فتحعلی شاه نفرت و ناسازگاری ایجاد شد که متعاقب آن، شهید تهران را ترک کرد و در قزوین اقامت گزید .»
به هرحال، آن‌چه مسلم است این است که شهید ثالث از عالمان شجاعی بود که به تکلیف خود عمل می‌کرد و از ملامت ملامت‌گران و قدرت قدرت‌مندان زمانه نمی‌هراسید و محافظه‌کاری و عافیت طلبی به هیچ عنوان در زندگی آن بزرگوار، جایی نداشت.
2- ایشان به خصوص در زمانی‌ که در قزوین سکنی گزیده بود، هم‌چون سایر علمای زمانه، به رفع خصومت بین مردم اقدام می‌کرد و در صورت لزوم حکم شرعی را بیان می‌کرد و هم‌چنین به اجرای حدود می‌پرداخت و همین مسأله باعث رنجش صاحبان زر و زور از ایشان می‌شد که حتی گاهی تصمیم به قتل وی می‌گرفتند.
3- یکی از مبارزات ارزنده شهید ثالث، مبارزه با صوفیه بود که این امر به مذاق درباری‌ها خوش نمی‌آمد. مهدی بامداد می‌نویسد:
«چون نسبت به متصوفه نیز تعرضات شدید داشته و در محضر و منبر به تکفیر و تحقیرشان سخن همی گفت، در ایام سلطنت محمدشاه مورد تنفر خاطر سلطانی و حاجی میرزا آقاسی گشت .»
بدیهی است که مبارزه آیت اله برغانی با صوفیه خوشایند حاجی میرزا آقاسی صوفی که صدراعظم و معتمد و همه کاره محمدشاه بود، نباشد و ایشان در تحریک شاه علیه شهید ثالث نقش داشته باشد.
4- مبارزه با شیخیه: آیت اله برغانی در مبارزه با این گروه منحرف به دو شیوه علمی و عملی تمسک جست. مبارزه علمیش را با مناظره با بنیانگذار شیخیه آغاز کرد تا وی را به لحاظ علمی خلع سلاح کند و پوچی ادعاهایش را به ویژه برای علما روشن کند و مبارزه عملیش را با تکفیر احسایی شروع نمود. وی این کار را به منظور حفظ و حراست عموم شیعیان انجام داد تا آنها در دام تفکر انحرافی شیخ احمد و طرفدارانش نیفتند. به تعبیر دیگر وی می‌خواست با این کار، احسایی و طرفدارانش را رسوا سازد تا توده شیعیان فریب عقاید انحرافی آنان را نخورند و هم‌چنان در صراط مستقیم مذهبی تشیع که حافظان و مروّجان آن، در زمان غیبت علما هستند، حرکت کنند.
فتوای مجتهد برغانی، نقطه عطفی در تاریخ شیعه به شمار می‌رود؛ چون به دنبال آن مجتهدان مشهور دیگری وارد میدان شدند و حکم شهید ثالث را تأیید و تصدیق کردند: از جمله آقا سید محمد مهدی فرزند آقا سیدعلی (صاحب ریاض) حاج ملا محمدجعفر استرآبادی، آخوند ملا آقای دربندی (صاحب اسرار الشهادۀ) شریف العلما مازندرانی (استاد شیخ انصاری) آقا سید ابراهیم قزوینی (صاحب ضوابط)، شیخ محمدحسین (صاحب فصول) و شیخ محمدحسن نجفی (صاحب جواهر) .
پیروی علمای بزرگ جهان تشیع از شهید ثالث و تأیید و تأکید آنها مبنی بر تکفیر احسایی، نشانه موقعیت بالای اجتهادی و فقاهتی وی در عصر خود به شمار می‌رود. هم‌چنین همین تأیید و تأکید آنها گواهی است روشن بر انحراف فکری و عقیدتی احسایی بدیهی است که تلاش‌های آیت اله برغانی و سپس سایر علما علیه او و طرفدارانش، باعث مفتضح شدن شیخیه در جهان تشیع گشت و آنها را به شدت تحت فشار قرار داد و منزوی ساخت.
تلاش گسترده آیت اله برغانی علیه شیخیه ادامه یافت و پس از مرگ احسایی، جانشینش سیدکاظم رشتی نیز از طرف آن بزرگوار تکفیر شد و در مجامع و منبر مورد طعن و لعن ایشان واقع گشت .
5- مبارزه با بابیه: پس از مرگ سید کاظم رشتی، عده‌ای از شیخیه، طوق اطاعت سید علی‌محمد شیرازی را به گردن آویختند و وی را پیشوای خود ساختند. وی نخست ادعای ذکریت و بعد ادعای بابیت (یعنی باب علوم و معارف الهی و راه اتصال به امام دوازدهم(عجّل الله تعالی فرجه الشریف)) و سپس ادعای مهدویت نمود و بتدریج ادعای نبوت و شارعیت کرد و مدعی وحی و دین جدید شد و بالاخره این ادعا را به ادعای نهایی ربوبیت و حلول الوهیت پایان بخشید .
به هرحال، فعالیت بابی‌ها، علمای شیعه و به ویژه آیت اله برغانی را نگران ساخت و به همین جهت وی دگربار به میدان آمد و فتوای تاریخی خود را در تکفیر این فرقه، صادر کرد. شیخ آقا بزرگ تهرانی می‌نویسد:
«در عصر شهید ثالث، بابی‌ها سر به شورش برداشتند و طغیان و فساد کردند و خون بی‌گناهان را به زمین ریختند. در این هنگام وی شجاعانه در قابل آنان ایستاد و بر کفر و نجاست آنان فتوا صادر کرد و گمراهی آنها را بر مردم اعلان نمود و آنان را در پیش چشم مردم خوار و ذلیل کرد .»
هم‌چنین میرزا محمد تنکابنی در این رابطه می‌نویسد:
«در سال آخر [عمر شهید ثالث] به جهت شیوع مذهب باب، آن جناب غالباً بر بالای منبر به وعظ انام [مردم] اشتغال داشت و مردم را از سوء حال باب تحذیر و آن طایفه را تکفیر می‌فرمودند .»
دو گزارش فوق‌الذکر به روشنی نشان می‌دهد که فعالیت آیت اله برغانی، در مقابل فرقه ضاله بابیت تا چه اندازه شدید بوده است و ایشان چه اندازه در قبال دین مردم احساس وظیفه می‌کرده و تلاش می‌نموده تا ایتام آل محمد(صلّی الله علیه و آله و سلّم) از صراط مستقیم خارج نشوند و گرفتار امثال باب نگردند.
آیت الله برغانی، شهید راه دفاع از عقاید حقه
مجتهد برغانی، با صلابت و استوار در مقابل بابیه ایستاد و همین امر موجب شد که آنان کینه عجیبی نسبت به وی داشته باشند و در نهایت نتوانستند وجود او را تحمل کنند و لذا نقشه قتل ایشان را کشیدند .
شهید نیمه شبی طبق معمول از خانه به مسجد رفت و به عبادت و راز و نیاز مشغول گشت، نزدیکی‌های سپیده دم دسته‌ای از تروریست‌های بابی بر سر او ریختند و در حالی‌که به مناجات و راز و نیاز مشغول بود، وی را مورد حمله قرار داده و مجموعاً هشت زخم برایشان وارد ساختند. شدت جراحات وارده به حدی بود که پس از دو روز شهید شد .
شهر قزوین یک پارچه سیه‌پوش شد و مردم عزادار گشتند. پیکر مطهر آن عالم بزرگ در 15 ذی القعده 1263 یا 1264 هـ .ق در جوار ملکوتی شاهزاده حسین این شهر به خاک سپرده شد.
شهادت آن پیرمرد فرزانه بازتاب وسیعی در جهان تشیع ایجاد کرد و در واقع تمام شیعیان را عزادار ساخت و حوزه‌های علمیه شیعه در ایران، هندوستان، عراق و لبنان به سوگواری پرداختند و شعرای عرب، عجم، هند و ترک، قصائدی در رثای وی سرودند؛ از جمله شاعر عرب درویش علی بغدادی از مشاهیر شعرای عراق، قصیده‌ای در وجه تشابه بین شهادت شهید ثالث و امیرالمؤمنین(علیه السلام) سروده و قاتلان وی به ابن ملجم تشبیه کرده است. ترجمه مطلع آن چنین است:
«تقی» آن پرهیزگار، اگر پسندیده خصال و نیکو سیرت از دنیا رفت، چه باک! در شهادت، سرمشق از «حیدر» امیرالمؤمنین گرفت و قاتلش بدین کار، مثل ابن ملجم گشت .
نتیجه‌گیری
علمای شیعه از صدر اسلام تاکنون زحمات طاقت‌فرسایی را متحمل شده‌اند تا اسلام ناب محمدی(صلّی الله علیه و آله و سلّم) بدون کم و زیاد به دست توده‌های مردم برسد. نقش عالمان بزرگ به ویژه پس از غیبت کبری بسیار شایان توجه است؛ زیرا آنان بودند که با کمترین امکانات و تحمل شدائد و مصائب فراوان هم‌چنان از مذهب تشیع حراست و پاسداری کردند. این نقش به خصوص پس از به قدرت رسیدن صفویه بسیار برجسته‌تر شد، زیرا در اوایل قرن دهم هجری قمری که صفویه به قدرت رسیدند، برای اولین‌‌بار مذهب تشیع به عنوان مذهب رسمی در سراسر ایران اعلان شد. بدیهی است که میدان فعالیت در این زمان برای علمای شیعه مساعد گشت.
در دوران قاجار نیز اگرچه حکام نالایقی به عنوان حاکمان شیعه در ایران حکومت می‌کردند، اما به هرحال، علما جایگاه ویژه‌ای به خصوص در بین مردم داشتند. آیت اله برغانی از علمای بزرگ این دوران بود که نقش عمده‌ای در جهت بسط و تعمیق اندیشه اسلامی ایفا کرد و هم‌چنین با تمام وجود از حق و حقیقت دفاع کرد و تا آخرین لحظه عمرش به مبارزه با باطل پرداخت که بخشی از مبارزات ایشان یک بار دیگر به اختصار ذکر می‌شود:
1- مبارزه با حاکمیت استبدادی شاهان قاجار و به ویژه فتحعلی شاه و مطرح ساختن «ولایت فقیه» برای اولین بار.
2- مبارزه با صوفیه.
3- مبارزه با زورمداران و زرمداران با دایر کردن محکمه شرعی.
4- مبارزه با شیخیه.
5- مبارزه با بابیه.
این دو مورد اخیر، بیشترین فعالیت شهید ثالث را به خود اختصاص داد. ایشان ابتدا با شیخ احمد احسایی مناظره کرد و وقتی که پافشاری وی را بر عقاید انحرافیش مشاهده نمود، وی را تکفیر کرد.
تکفیر احسایی از جانب برغانی، وی را در تنگنا قرار داد و علمای بزرگ دیگری نیز وی را تکفیر کردند.
این تکفیرها سبب شد که به خصوص عوام الناس و توده‌های مردم از فرو افتادن در دام شیخیه نجات و رهایی یابند. فعالیت آیت اله برغانی علیه شیخیه استمرار یافت و پس از مرگ احسایی جانشینش سیدکاظم رشتی را نیز تکفیر کرد. وقتی که پس از مرگ سیدکاظم رشتی، عده‌ای از شیخیه، سید علی‌محمد باب را علم کردند و تحت عنوان بابیه در ایران بلوای مذهبی راه انداختند، این بار نیز آیت اله برغانی با شجاعت تمام و بدون ترس از جان خود به میدان آمد و به تکفیر بابیه پرداخت.
وقتی که بابیه، شهید ثالث را مانعی در راه فعالیت‌های انحرافی خود دیدند تصمیم به حذف فیزیکی او گرفتند و این نقشه شوم را پیاده کردند. اما شهادت مظلومانه وی بابیه را به شدت رسوا ساخت و خون ایشان جان تازه‌ای در کالبد مکتب تشیع دمید و غفلت زدگان را بیدار ساخت و صفوف حق و باطل را بطور واضح از هم جدا کرد و متمایز نمود.