اندیشۀ مهدویت باوری اصیل و فراگیر در کلِ اعتقادات اسلامی است، که با اندیشۀ نجات و منجی موعود در گسترۀ ادیان جهان در پیوند است. این اندیشه اگر به درستی تبیین گردد، می تواند فرصتی عظیم برای طرح آموزه ها و آرمان های بلند اسلام در جهان فراهم آورد، و زمینه ای فراخ برای همگرایی و گفتمان پیروان مذاهب اسلامی و ادیان بزرگ عالم بگستراند.
ابعاد اندیشۀ مهدویت چنان گسترده است که رسیدگی به همۀ آن هرگز از عهده افراد بر نمی آید، بلکه مستلزم پژوهش های گروهی و درازمدت است. اشتمال بر ابعاد کلامی، عرفانی، تربیتی، روانشناختی، حقوقی، سیاسی، جامعه شناختی، تاریخی و دین شناختی اندیشۀ مهدویت را مستحق پژوهشی گسترده و آکادمیک ساخته است. مهدویت از هر یک از این ابعاد که کاویده شود موضوعات و مسایل پر دامنه ای را بر می انگیزد که بررسی آنها تنها تأمین کنندۀ پاسخ عالمانه به شبهات نظری در این عرصه است بلکه پیش از آن فراهم آورنده سامانه ای از نظریه ها و اندیشه های درهم تنیده در مباحث مربوط به دین و آیندۀ بشریت، فلسفۀ تاریخ، معنای زندگی، جهانی سازی، بحران معنویت، و دیگر موضوعات زنده و مطرح در زمانۀ ما خواهد بود.
بر این پایه، معاونت پژوهشی پژوهشکدۀ مهدویت با پی ریزی گروه های تخصصی متناسب با ابعاد گوناگون این اندیشه، بر آن است تا با رویکردی عالمانه و برنامه ای فراگیر و درازمدت زمینۀ پیمودن این عرصۀ پر اهمیت را برای پژوهندگان فراهم آورده و ثمرات این پویش ها و کاوش ها را در اختیار جامعه قرار دهد.

اهداف
1. شناسایی و معرفی موضوعات و مسایل و عرصه های پژوهش در باب مهدویت
2. تولید علم و انجام پژوهش های بنیادین و کاربردی در عرصه ها و موضوعات و مسایل مربوط به مهدویت
3. فراهم آوردن زمینه های علمی تربیت نیروی متخصص در ابعاد مختلف اندیشۀ مهدویت
4. تبیین نظام نظری اندیشۀ مهدویت (مبانی و بناها)
5. زدودن ابهام ها و رفع شبهات و پاسخ عالمانه و درخور به پرسش های مربوط به اندیشه مهدویت
6. کشف و تبیین ابعاد مغفول مانده و پاسخ به پرسش های جدید در باب مهدویت و موعودباوری
7. کشف و تبیین امکانات و فرصت هایی که اندیشۀ مهدویت برای رشد و توسعۀ آرمان های معنوی و اجتماعی اسلام با خود دارد
8. شناسایی و معرفی آسیب‌ها و تهدیدات پیش روی اندیشه مهدی باوری و ارائه راه‌کار مناسب مقابله با آن

این معاونت با بهره‌گیری از بخش‌ها و واحدهای پرسش و پاسخ، کتابخانه، ترجمه و نشست‌های علمی، وبا شناسایی موضوعات قابل پژوهش و جذب پژوهش‌گران و...، به تحقق این اهداف کمک می کند.

وظایف
1. تولید و انتشار کتاب های تخصصی یا نیمه تخصصی در زمینۀ مهدویت و موعودباوری
2. تولید مقاله، شامل مقالات تخصصی، نیمه تخصصی و اطلاع رسانی (قابل عرضه در نشریات، مجموعه مقالات و اینترنت)
3. آموزش و تربیت پژوهشگر و استاد
4. مساله شناسی و موضوع شناسی در زمینۀ مهدویت و موعودباوری
5. تدوین برنامۀ پژوهشی و تنظیم طرح واره ها و طرح های پژوهشی
6. برگزاری سلسله نشست های علمی وتخصصی
7. تهیه مواد و مطالب علمی برای برنامه های صوتی و تصویری در زمینۀ مهدویت و موعودباوری
8. تهیه مواد و مطالب علمی برای ارائه بر روی سایت اینترنتی
9. اعزام مبلغ وکارشناس مهدوی به نقاط مختلف کشور
10. پی گیری روند پژوهشکده شدن مؤسسه در وزارت علوم ،تحقیقات وفن آوری

ساختار معاونت پژوهشي
1ـ تشکيلات
معاونت پژوهشي پژوهشکده مهدويت داراي ارکان سازماني زير است:
1) معاون پژوهشي
2) شوراي پژوهشي
3) مدير پژوهشي

2ـ شرح وظايف

1ـ معاون پژوهشي
1ـ1ـ نحوه انتخاب: معاون پژوهشي با حکم رياست پژوهشکده انتخاب مي‌شود.
2ـ1ـ وظايف:
1ـ2ـ1ـ نظارت بر تدوين برنامه کوتاه مدت و بلند مدت پژوهشي پژوهشکده و تعيين اولويت ها با کمک مديران گروه  و دفتر پژوهش و ارائه آن به شوراي پژوهشي
2ـ2ـ1ـ برآورد امکانات مورد نياز فيزيکي، انساني و مالي و ارائه آن به مسؤول پژوهشكده
3ـ2ـ1ـ نظارت بر گردش کار بخش هاي مختلف پژوهش
4ـ2ـ1ـ انتخاب مديران گروه هاي پژوهشي و مدير خدمات پژوهش
5ـ2ـ1ـ تعيين کميته تخصصي طرح هاي پژوهشي، با پيشنهاد مدير گروه و تأييد مدير پژوهشي
6ـ2ـ1ـ پي گيري مصوبات شوراي پژوهشي و عملياتي كردن آن‌ها
7ـ2ـ1ـ ارتباط و هماهنگي با مسؤول و ديگر بخش‌هاي پژوهشكده
8ـ 2ـ1ـ نظارت بر پذيرش کليه نيروهاي معاونت پژوهشي اعم از نيروهاي پژوهشي و اداري
9ـ2ـ1ـ تعيين ميزان حق الزحمه پژوهشگران و مبلغ قراردادهاي پژوهشي با پيشنهاد مدير پژوهش

2ـ شوراي پژوهشي
1ـ2ـ اعضاء: معاون پژوهشي، مدير پژوهش (به عنوان دبير شورا)، و همه مديران گروه ها
2ـ2ـ رئيس شورا: معاون پژوهشي رياست شوراي پژوهشي را بر عهده خواهد داشت.
3ـ2ـ وظايف:
1ـ3ـ2ـ پيشنهاد سياست ‌هاي کلان معاونت پژوهشي
2ـ3ـ2ـ تعيين اولويت هاي پژوهشي
3ـ3ـ2ـ بررسي و تصويب طرح هاي پژوهشي

3ـ مدير پژوهش
1ـ3ـ نحوه انتخاب: مدير پژوهش با حکم معاون پژوهشي انتخاب مي‌شود
2ـ3ـ وظايف:
1ـ2ـ3ـ نظارت بر تنظيم فعاليت ها و گردش کار طرح ها از مرحله تدوين در گروه تا تصويب در شوراي پژوهشي و کميته تخصصي
2ـ2ـ3ـ همکاري با مديران گروه ها در تدوين طرح تحقيق گروه ها و تعيين اولويت هاي پژوهشي و ارائه آن به معاون پژوهشي
3ـ2ـ3ـ تدوين برنامه زمان بندي طرح هاي پژوهشي از جهت تطبيق آنها بر طرح اوليه و پي گيري آن
4ـ2ـ3ـ تهيه و تنظيم پرونده جهت طرح هاي پژوهشي در دست اجرا و ثبت اطلاعاتي از قبيل ساعات کار ماهانه، زمان تحويل گزارشات، ميزان پرداخت و...
5 ـ2ـ3ـ پيگيري تشکيل جلسات شوراي پژوهشي، کميته تخصصي و ساير جلسات علمي در معاونت پژوهشي و ارائه گرازش آنها به معاونت پژوهشي
6ـ2ـ3ـ تهيه گزارش فصلي و سالانه از فعاليت هاي پژوهشي پژوهشکده
7ـ3ـ3ـ ايجاد بانک اطلاعات و کتابخانه تخصصي پژوهشکده

واحد پژوهش دارای هشت گروه پژوهشی می باشد که عبارتند از :
1ـ گروه قرآن، حدیث و ادعیه
2ـ گروه فلسفه،کلام و عرفان
3ـ گروه حقوق و سیاست
4ـ گروه تاریخ
5ـ گروه جامعه شناسی
6ـ گروه روان شناسی وعلوم تربیتی
7ـ گروه ادیان و مذاهب
8ـ گروه فرقه های انحرافی